1996年，林树坤博士创办了国际分子多样性保护组织（MDPI），总部设于瑞士巴塞尔。该组织主要工作为收集交流化合物样品，旨在保存化学多样性，永久收藏具有历史价值的样品等。同年，林树坤博士创立了分子（Molecules）期刊，是最早的电子版有机化学期刊之一。

Molecules 在1997年发表了第二卷。与此同时，该期刊自1997年起至今，每年都举办国际性有机合成化学的电子会议（Electronic Conference on Synthetic Organic Chemistry）,是世界最早开始的在线会议之一。

稍后 MDPI 更名为 MDPI  —即目前的多学科数字出版机构，是全球领先的开放获取 open access 出版公司之一。先前的样品收集工作被永久的转移到 MDPI 可持续发展基金名下，样品的收集目前由 MolMall Sarl 公司代表该基金来运营。相关文章可以“一个化合物，一篇短文”的形式投稿到 Molbank 期刊上。

2000年，该期刊的第5卷和第6卷限量地进行了印刷，并分发到几个学术的和工业的实验室。Molecules 还于2002年在中国青岛举办了分子科学前沿国际研讨会。自2007年起该期刊将其所有的文章公布以供开放存取（OA）。截止于2016年3月期刊共发表了来自100余世界不同国家的8600余篇文章，引用量近六万次，高引用次数（h-index）达67。

目前，Molecules 主要发表天然产物，药物化学，有机合成等方面的研究论文、通讯及综述，包括除此之外的有机金属化学、绿色化学、生物有机化学、光化学等十个部分。在 Web of Science 有机化学分类里，Molecules 在全部收录的57部期刊中，位于二区，排名第21位。期刊2014年影响因子（IF）为2.416，五年影响因子为2.791。2015年，期刊一审周期平均为22天，接收后的文章一般在7天内发表上线，其发表文章平均总处理周期为59天，拒稿率为52.5%。

特别值得一提的是，2009年 Molecules 发表了青蒿素特刊，旨在纪念屠呦呦女士八十大寿。其中，中国中医科学院中药研究所廖福龙研究员发表的英文社论对青蒿素的研究发现历史做了详细介绍。2015年10月，林树坤博士与北京大学药学院张亮仁教授携三位 MDPI 员工一同拜访了2015年诺贝尔生理学或医学奖得主屠呦呦女士。

 

右一：林树坤（MDPI 董事长）；右二：张亮仁（北京大学药学院药物化学系主任）；右三：屠呦呦；

     

为庆祝创刊20周年，Molecules 于2016年首次设立两项学术大奖，包括两年一届的屠呦呦奖和两名参会旅费奖。其中，屠呦呦奖由屠呦呦教授支持并冠名，旨在奖励在天然产物和药物化学领域有突出贡献的资深研究学者。现已开放提名和申请，要求及申请方式详见：http://www.mdpi.com/journal/molecules/awards.pdf

林树坤博士希望能通过 MDPI 这个出版平台，将优秀的中国科研成果以开放获取的形式传播到世界各地，为中国学者提升国际影响力作出自己的贡献。

欢迎阅读由 Molecules 主编 Derek J. McPhee 博士撰写的社论“20年后的分子—回顾与展望”

了解更多关于 Molecules 期刊的信息，文章和特刊，请访问 Molecules 主页www.mdpi.com/journal/molecules